学校研究生教育工作以科学发展观为指导，按照“精心组织，突出特色；积极发展，按需建设；注重创新，保证质量”的方针，通过不断深化各项改革，强化内涵建设，基本形成较为完整的研究生教育体系。
学校现有理论经济学、应用经济学、统计学、工商管理、管理科学与工程等5个省级重点学科，有应用经济学、统计学、理论经济学、工商管理、管理科学与工程等5个一级学科硕士点，有政治经济学、经济思想史、经济史、世界经济、西方经济学、人口资源与环境经济学、国民经济学、区域经济学、财政学（含税收学）、金融学（含保险学）、产业经济学、国际贸易学、数量经济学、劳动经济学、国防经济、统计学、管理统计学、数理统计学、经济法学、马克思主义基本原理、思想政治教育、会计学、企业管理（含财务管理、市场营销、人力资源管理）、旅游管理、技术经济及管理、管理科学与工程等29个二级学科硕士点，有工商管理（MBA）、会计、金融、应用统计、国际商务、保险、资产评估、审计、新闻与传播等9个专业硕士学位授权点，在省属高校中最早获得MBA专业学位授予单位资格；具有少数民族高层次骨干人才研究生招生单位资格。
学校现有校内外硕士研究生指导教师178人，其中享受国务院政府特殊津贴专家、省部级优秀专家、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者、全国“五一”劳动奖章获得者、全国优秀教师、甘肃省领军人才、甘肃省“333”、“555”人才工程人选、甘肃省学科带头人、甘肃省高等学校教学名师等高层次人才30余人。
我校累计招收统招硕士研究生2442名，其中学术型硕士研究生1507名，专业型硕士研究生935名。另外，招收春季MBA研究生241人。目前在校硕士研究生1100余人。近五年来，在校研究生在省部级以上学术期刊发表论文1500余篇，作为主要完成人共参与地厅级以上课题200多项，获得李政道奖学金、全国高校法律英语大赛、省部级以上学科竞赛优秀奖、省部级以上学会优秀论文奖等奖励者30余人。已毕业研究生大多数被高等学校、国有银行、大型公司和行政单位录用，另有近100人分别考取了中国人民大学、上海财经大学、复旦大学、中央财经大学、南开大学、北京师范大学、吉林大学、山东大学等国内重点大学的博士研究生，取得了较好的社会反响。