吉首大学创办于1958年，2003年获硕士学位授予权，2012年获服务国家特殊需求博士人才培养项目，2013年、2016年两度获批为“中西部高校基础能力建设工程”高校，2014年“民族学”学科获博士后科研流动站，同年与中山大学共建“工商管理”博士后科研流动站，2015年与中科院地理资源所共建“院士工作站”。2006年获教育部普通高校本科教学工作水平评估优秀，2010年获湖南省研究生培养过程质量评估优秀。学校是推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生普通高校。办学59年来，学校构建了前景广阔并适应经济社会发展需求的学科专业体系。培养各类学生20万人，为湖南西部地区尤其是武陵山区发展做出了特殊贡献，先后得到朱镕基、贾庆林、曾庆红、尉健行、贺国强、刘云山等党和国家领导人高度肯定，时任国务院总理朱镕基称“吉首大学是湖南的骄傲”。
学校学位与研究生教育起步于新世纪初，经过13年的发展，吉首大学学位与研究生教育已初具规模，现已形成哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学、医学等多学科交融发展的学科体系。学校现有2个博士后科研工作流动站;服务国家特殊需求博士人才培养项目1个;一级学科硕士点15个，专业硕士学位点5个。
学校现有博士生导师27人，硕士生导师407人;“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”6人，国务院特殊津贴专家13人，省“百人计划”2人，省“121人才工程”人选21人，省学科带头人及培养对象16人。教师中获全国优秀教师8人，全国“五一”劳动奖章1人，全国师德先进个人1人，曾宪梓教育基金5人，宝钢教育基金2人，省教学名师4人，省优秀教师17人，省青年骨干教师115人，国家级、省级教学科研团队10个。
学校现有各类在籍学生3.2万余人，其中，在校博士、硕士研究生1100余人，累计授予硕士学位近2000人。近5年，学校共承担省部级以上科研项目930项，其中国家自科基金立项122项，国家社科基金立项86项。据中国教育在线统计，在2007-2016年的国家社科基金立项中，吉首大学总立项数142项，全国排名第70位。在《中国社会科学》等期刊发表论文12609篇，师年均发表论文2.14篇，4大索引收录632篇，CSSCI收录753篇;出版学术专著150部，获发明专利273项;获教育部人文社科二等奖1项，省级自然科学奖、科技进步奖和科技发明奖13项，省级社科成果奖22项。
学校在兴办学位与研究生教育过程中，始终把德育放在首位，坚持德、智、体、美全面发展，不断提高研究生的综合素质。根据把学校建设成为有特色、高水平的教学研究型地方综合性大学的发展定位，牢固捍卫教学的基础地位、科研的中心地位、投入的优先地位，努力培养“下得去、留得住、用得上、干得好”的高层次复合型应用人才。初步形成了理论基础扎实、专业技能突出、口径较为宽广、实践和创新能力较强的研究生培养特色。