中国科学院合肥物质科学研究院 (以下简称“合肥研究院”或“研究院”) 是中国科学院的直属事业单位(正厅级)，是中国科学院在安徽设立的一个综合性科研基地和人才培养基地。坐落在合肥市西郊风景秀丽的蜀山湖畔科学岛上, 面积约 2.65平方公里。合肥研究院正式成立于2003年5月, 由科学岛上原有的中科院4个研究所安徽光机所、等离子体所、固体物理所、合肥智能机械所与合肥分院合并组建, 成立后又陆续建立了中国科学院强磁场科学中心、先进制造技术研究所、技术生物与农业工程研究所、医学物理技术中心、中国科学院核能安全技术研究所、应用技术研究所6个非法人科研单位。此外，与地方政府共建了安徽工业技术创新研究院(安徽循环经济工程院)、皖江新兴产业发展中心、淮南新能源中心、中科院合肥技术创新工程院、合肥离子医学中心，与安徽省科协共建并负责管理合肥现代科技馆。
合肥研究院目前拥有1个国家工程中心，1个国家工程实验室，17 个省部级重点实验室/工程中心, 以及全超导托卡马克实验装置 ( EAST) 、稳态强磁场实验装置 2 个国家重大科技基础设施，牵头建立了合肥战略能源和物质科学大型仪器区域分中心。科研领域涉及能源、环境、生物、材料、信息、国防，主要学科方向有磁约束核聚变科学与技术、先进核能与核安全技术、大气环境探测与监测技术、强磁场科学与技术、特殊环境服役材料、机器人与智能装备、现代农业技术、医学物理与技术以及国防战略高技术等。目前，在磁约束核聚变、大气环境监测、强磁场科学与技术等学科方向已跻身国际先进行列，部分方向已处在国际领先方阵。
合肥研究院是科技部授予的国家创新人才培养示范基地。截至2017年底，共有在职职工2600人。其中专业技术人员2192人，占在职职工84.3%，包括中国科学院院士2人、中国工程院院士4人、研究员及正高级工程技术人员322人、副研究员及高级工程技术人员733人。现设有11个二级学科博士研究生培养点、13个硕士研究生培养点、9个专业学位硕士研究生培养点。截至2017年12月，共有在学研究生1762人，其中博士878人，硕士884人，外国留学生21人，在岗导师453人，其中博导224人，硕导229人。
2005年以来(至2017年底)，合肥研究院获得国家科技奖共20项，其中：获国家科技进步奖-创新团队奖1项，国家科技进步一等奖4项、二等奖6项，国家自然科学二等奖4项，国家技术发明二等奖2项，国家国际科技合作奖3项;获中科院杰出科技成就奖1项;获安徽省科学技术奖37项。
由合肥研究院和中国科大联合申请、依托合肥研究院建设的中科院合肥大科学中心于2016年11月18日通过中科院组织的专家答辩，被评为“优秀”，圆满完成了筹建任务。 在中科院合肥大科学中心的基础上，合肥研究院积极推动并主要参与了安徽省、中科院联合申报合肥综合性国家科学中心。合肥综合性国家科学中心在2017年1月10日正式获国家发改委和科技部联合批复，合肥研究院是中科院参与共建的核心单位之一。