长春中医药大学学位与研究生教育始于1985年，1998年获准开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位工作，2000年获准开展临床医学硕士学位试点工作，2003年学校成为博士学位授权单位，2004年获准开展高校教师在职攻读硕士学位工作，2011年获准设立博士后科研流动站。经过近30年的发展，现已形成了硕士、博士、博士后多种层次、多种类别的高层次中医药人才培养体系。
目前学校有2个一级学科博士学位授予权点，即中医学、中药学；5个一级学科硕士学位授权点，即中医学、中西医结合、药学、中药学、护理学；2个一级学科博士后流动站，即中医学、中药学。现有省部级重点学科22个，形成了覆盖中医学、中药学、中西医结合、药学和护理学5个一级学科，并将基础与临床、中医与西医、医学与药学有机结合的研究生教育体系。学校拥有一支治学严谨、学术造诣高、研究力量强、年龄结构合理的研究生导师队伍，现有博士生导师51名、硕士生导师245名，其中有享誉全国的终身教授6人，国家级优秀教师3人，享受国务院特殊津贴者29人，国家及吉林省有突出贡献的中青年专家16人，入选教育部新世纪优秀人才支持计划2人，吉林省高级专家6人，吉林省教学名师3人，吉林省新世纪首席教授1人，吉林省特等劳动模范1人。迄今为止，研究生学院已经培养硕士研究生2910人，博士研究生109人。他们中许多人已成为所在单位业务骨干，国家级、部省级重点学科带头人，博士、硕士研究生指导教师，国家或省部级重点科研项目主持人，有的已经走上重要领导岗位，有的移居海外，成为当地中医药机构的负责人，为促进中医药对外学术交流做出了贡献。
2006年5月，长春中医药大学研究生学院成立，学位与研究生教育工作列为学院建制，突出了研究生教育工作的战略地位，开创了学校学位与研究生教育工作的新局面。研究生学院现设有综合办公室、培养科、学科与学位科、管理科四个职能科室。研究生学院自成立以来，始终紧抓“中医药高层次人才培养”这一主线，以“培养复合型人才”为目标，逐步完善研究生教育的管理体制和运行机制，不断创新研究生培养模式，注重导师队伍建设，初步建立了研究生培养质量和学位授予质量的监督保障体系。
“十二五”是学校学位与研究生教育发展的关键时期，面对承前启后，继往开来的历史性机遇，研究生学院将不断强化内涵建设，创新办学理念，深化研究生教育教学改革，把人才培养质量视为学位与研究生教育的生命线，稳步扩大教育规模，突出创新能力培养，引导研究生“夯实理论基础，精通专业技能，兼学中西两法，通晓古今中外”。 展望未来，研究生学院全体教师有信心，有决心，在学校党委的正确领导下，秉承学校“启古纳今，厚德精术”的办学理念，开拓创新，踏实工作，把研究生学院建设成国内一流的高层次中医药人才培养的摇篮。