中国医药工业研究总院起缘于1957年创建的上海医药工业研究院。作为全国首批博士硕士学位授予权单位，我院自1979年起就开始招收研究生，并于1995年被批准设立了（药学）博士后流动站，2000年被批准为药学一级学科博士学位授予单位。自2000年起我院与上海交通大学共建上海交通大学药学院。2012年经教育部-中国工程院联合批准我院分别与复旦大学、上海交通大学开展联合培养博士研究生的试点工作，以培养基础研究与应用研究充分融合的复合型人才。
我院现有中国工程院院士1人，享受国务院特殊津贴专家百余人。近十年来获得8项上海市技术发明（或科技进步）一等奖，5项国家技术发明（或科技进步）二等奖。在 “十一五”期间承担了国家“新药创制重大专项”中“综合性新药研究开发技术大平台”及2个子平台（新制剂与新释药系统技术平台和药物安全评价技术平台）等项目的建设任务，研究成果支撑了同期“重大专项”中第一批6家“企业创新药物孵化基地”中的4家企业，十二五期间获得国家滚动支持，继续承担上述建设任务，充分体现了我院技术创新的整体实力和对医药行业技术创新的带动力。在国际合作中，我院与国际制药界巨头、知名高校建立了以项目为纽带的广泛合作关系，为使我国实现从制药大国向制药强国的转变做出产业化应用研究方面的重要贡献。
一、我院的科研特色与实力
我院科研实力的整体水平在国内医药工业领域居领先地位，是国家级综合应用型医药工业技术研究机构。科研特色以“贴近国际医药技术创新前沿，贴近国家医药创新战略，贴近医药行业市场的现实与未来发展”而闻名于国内外医药研究领域，研究课题均来源于医药企业的生产需求（包括新药研发和重大生产工艺突破）。
截至到2015年底，我院累计获得授权专利近1000项，获国家科技发明奖18项，国家科技进步奖23项，上海市等省部级科技进步奖329项。2000余项科研成果推广到全国各省市的医药企业已经转化为生产力，沪深股市医药板块中有30多家上市公司与我院有紧密的技术合作并实现了产业化成果的应用，其中部分成果还打破了国外产品几十年来的垄断，为提高我国医药企业产品在国际市场上的占有率做出了贡献。
二、我院科研平台设置与研究生培养
我院科研平台设置及其研究方向涵盖整个药学领域，包括5个国家级研究开发中心（国家上海新药安全评价中心、药物制剂国家工程研究中心、国家药监局药品包装材料科研检测中心、中国医药工业信息中心、创新药物与制药工艺国家重点实验室）。基于这些科研平台的博士和硕士研究生培养专业或方向包括药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、社会与管理药学。此外，临床药学、生物化工专业目前招收培养硕士研究生。
我院已培养1000余名博士和硕士，20余名博士后。目前在读研究生有300余人（包括联合培养研究生）。目前在岗的博士生导师23名，硕士生导师83名。我院实行较高的助学金和奖学金制度，非定向研究生的助学金覆盖面达到100%；非定向研究生的奖学金类型多样，覆盖面较广。
我院在研究生教育培养中以“注重理论与实践的紧密结合、提升学生解决工业生产中实际问题的能力”为主线逐步形成了如下特色：导师队伍培养经验丰富、授课教程偏重实际应用、课题研究实用且有难度、理论结合实际落到实处、学术交流气氛浓厚面广、就业机会前景广阔，就业单位遍及高校、科研、企业和政府机构等领域，深受用人单位的青睐，就业率长期保持100%。