中国科学院新疆理化技术研究所（以下简称新疆理化所），于2002年3月28日，在原中国科学院新疆物理研究所和新疆化学研究所（均于1961年成立）的基础上整合成立。
新疆理化所定位：紧紧围绕着国家、新疆战略需求，坚持以科技创新为中心，以提高关键技术创新和系统集成能力为主线，以对新疆社会和经济发展做出有显示度的贡献为目标。战略发展目标：围绕新疆特色资源的深度开发，结合新疆的地域优势和多语言文化特色，注重科技创新性与新疆经济发展的战略需求相结合，开展干旱区植物资源化学、多语种信息技术、清洁能源与环境治理、新型材料研发、油田化学与矿产资源综合利用等领域战略性、前瞻性高技术研究；在涉及国家安全领域，开展了辐射物理和特种敏感材料的研究。将研究所建设成为中国科学院服务新疆的“桥头堡”和技术创新、集成、转移的基地，建设成为西部乃至中亚一流的高技术研究所。
新疆理化所现设有资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境科学与技术4个研究室。已在可食植物资源、敏感材料与元器件、多语种信息技术、辐射物理以及维吾尔药现代化等领域，形成了独具特色的优势，发挥着骨干引领的作用。
研究所现已建立“中国科学院干旱区植物资源化学重点实验室”，省部共建“新疆特有药用资源利用国家重点实验室培育基地”以及“新疆植物资源化学”、“新疆电子信息材料与器件”2个省级重点实验室和2个省级工程技术中心；与中亚地区及我国东部有关研究机构共建了“中亚地区可食植物功能成分联合实验室”，“民族语音文字信息联合实验室”；与新疆公安消防总队成立了“火灾科学与消防工程合作实验室”。2012年，国家发改委“民族药关键技术及工艺工程研究中心”正式授牌，与航科集团八院共同组建了“宇航电子元器件辐射效应评估联合实验室”。
截至2012年底，新疆理化所共有在职职工293人。其中科技人员255人，包括研究员及正高级工程技术人员30人、副研究员及高级工程技术人员90人。共有国家杰出青年科学基金获得者1人,国家海外高层次人才引进计划“千人计划—新疆项目”入选者1人；中国科学院“百人计划”入选者17人（新增2人），“西部之光”人才入选者103人（新增13人），自治区百名高层次人才引进计划入选者9人（新增9人），24人入选新疆天山英才工程，国家级“新世纪百千万人才工程”候选人1名。
新疆理化所是1987年国务院学位委员会批准的硕士学位授予权单位之一，2004年经国务院学位委员会批准增列博士培养点，现设有微电子学与固体电子学、材料物理与化学、计算机应用技术、有机化学、无机化学、物理化学、物理电子学7 个博士培养点，有机化学、无机化学、物理化学、药物化学、微电子学与固体电子学、物理电子学、材料物理与化学、计算机应用技术、计算机技术、材料工程等10个硕士研究生培养点，并设有化学、电子科学与技术2个专业一级学科博士后流动站。共有在学研究生202人（其中硕士生124人、博士生78人）、在站博士后7人。
2012年，新疆理化所共有在研项目423项（包括新增项目123项）。其中，承担国家重点基础研究发展计划（973）课题1项（新增1项），主持（或承担）国家高技术研究发展计划（863）项目2项（新增1项），主持国家自然科学基金重点项目2项（新增1项）、面上项目9项（新增3项）、国家杰出青年科学基金项目1项，承担中国科学院战略性先导科技专项课题1项，主持中科院科研仪器研制项目3项（新增2项）；承担重点国际合作项目1项；承担院地合作项目8项（新增2项）。
2012年，研究所申请发明专利63项，授权发明专利43项；获批软件著作权3项，主持制定企业标准1项，参与制定企业标准6项；发表各类科技论文166篇, 其中SCI收录91篇、EI收录15篇。“新型卤素硼酸盐K3B6O10Cl紫外非线性光学晶体材料研究”获2012年度新疆维吾尔自治区科技进步一等奖；9篇论文获得新疆维吾尔自治区第十二届自然科学优秀学术论文奖（其中：一等奖1篇、二等奖5篇、三等奖3篇）。
研究所确定了“立足新疆，面向中亚”的开放合作发展战略，同时，与欧美国家的合作正在逐年增加。全年人员出访15人次，来访67人次；举办了“第三届可食植物资源及活性成分国际研讨会”；国际合作项目立项16项。
新疆理化所是新疆物理、化学、自动化、生物化学、核学会的挂靠单位。