皖南医学院地处素有“长江巨埠、皖之中坚”之称的历史名城——芜湖市，濒临浩瀚长江，汇集江南神秀。学校建于1958年，时为芜湖医学专科学校;1971年并入安徽医学院，为安徽医学院皖南分院;1974年经国务院批准独立建校，命名为皖南医学院;1981年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权;1998年一次性通过教育部本科教学工作合格评价;2008年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级。学校现有滨江、赭麓、银湖三个校区，占地101.13万平方米。
现有教职医护员工4000余人，近年来有7名教师分别荣膺全国、全省优秀教师光荣称号，13人享受国务院特殊津贴，现有省高校学科拔尖人才2人，省学术和技术带头人7人、后备人选13人。在长期办学历程中，学校涌现出一批诲人不倦的知名教授。有创建了我国首个神经病专科病房、撰写首部神经精神专著的刘贻德教授;有我国定量药理学创始人之一的孙瑞元教授;有潜心本草研究六十载，辑复了经典名著《新修唐本草》的尚志钧教授;有国医大师、全国七名内经专业导师之一的李济仁教授;有德技双馨、我校捐赠遗体第一人的汪桐教授等。自办学以来，学校秉承“精医、尚德、求实、自强”的校训，发扬“艰苦创业，求实自强，奉献社会”的皖医精神，形成了优良的办学传统。
现有国家级特色专业1个、省级特色专业9个、国家级专业综合改革试点专业1个、省级专业综合改革试点专业11个，省级重点学科2个、“十三五”省临床优先发展重点专科1个、省临床重点专科12个、省临床重点培育专科5个。
现有国家级虚拟仿真实验教学项目1个，省级人才培养模式创新实验区1个，省级教学团队8个，省级卓越人才教育培养计划7项，省级精品资源课程23门，省级示范实验实训中心3个。有国家药物临床试验机构1个、国家中医药管理局三级实验室1个、省级重点实验室等省级科研平台4个、省级校企合作实践教育基地4个，公开出版《皖南医学院学报》、《中国临床药理学与治疗学》2种学术期刊。
学校积极开展对外交流与合作，先后与美国、英国、德国等国家以及香港、台湾地区的高校及研究机构广泛开展学术合作交流。