自然资源部第三海洋研究所(简称海洋三所)，创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益一类综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。
海洋三所现有编制505人，截至2018年12月，在职职工444人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家4人，入选国家“百千万人才工程”2人，入选福建省“百千万人才工程”4人，厦门市拔尖人才4人，具有副高级职称以上科技人员160余人，具有博士学位人员160人。海洋三所是1984年国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，建有博士后科研工作站，拥有1个一级学科硕士学位授权点(海洋科学)和2个二级学科硕士学位授权点(微生物学和环境科学)，并与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生，，在读硕、博士研究生160多人。先后与美、德、法、日等30多个国家以及我国台湾、香港等地区的有关机构建立了交流与合作关系。主办出版中国自然科学核心期刊《应用海洋学学报》，同时是国家海洋标准委员会生物资源开发与保护分技术委员会、中国海洋学会海洋生物资源专业委员会、中国海洋工程咨询协会环境生态专业委员会，中国太平洋学会危险品与放射性评估分会、中国生态学会海洋生态专业委员会以及福建省海洋学会的依托单位。
海洋三所重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域13个研究方向，拥有10个研究部门(含自然资源部属2个重点实验室和1个工程中心)，以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院。在深海微生物、海洋-大气化学与全球变化等学科领域处于全国领先地位，部分成果达到国际先进水平;海洋生物多样性和生态系统保护管理等学科具有较明显的优势，部分领域居全国领先水平;海洋生物资源开发利用技术居国内先进水平，产业研发平台应用初见成效;在台湾海峡、南海等区域海洋学研究方面积累了大量一手资料，海洋声学等领域具有一定的学科优势。经过近60年的发展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已经成为我国海洋科学研究的重要力量，在国际上具有一定的知名度，为我国海洋科技发展、海洋综合管理、海洋经济发展、海洋权益维护和海洋生态文明建设做出了重要的贡献。
海洋三所保藏有我国迄今为止最大的灰鲸标本和十万多份生物标本，拥有国家级深海微生物资源库，国内最先进的4500吨级海洋综合科学考察船“向阳红03”船自2016年3月建成并投入使用以来，已圆满完成了多个综合调查航次任务。
海洋三所持有国家级《检验检测机构资质认定证书》《ISO9001：2015质量管理体系认证证书》、甲级《建设项目环境影响评价资格证书》、甲级《工程勘察证书(海洋工程勘察综合类)》、甲级《工程设计资质证书(海洋行业-沿岸工程)》、甲级《测绘资质证书(海洋测绘)》、乙级《工程咨询单位资信认定-生态环境与建设工程及水运(港口河海工程)》和乙级《地质勘察资质证书(海洋地质调查)》等各类技术咨询服务证书，在海洋发展规划、环境保护规划和重大基础建设等方面的海洋管理和海洋经济发展提供了大量的基础性、支撑性技术服务，为我国国民经济建设、国家安全和海洋科学技术的发展做出了贡献。