上海船舶运输科学研究所成立于1962年，位于上海浦东陆家嘴地区东部，占地总面积130余亩，是我国最大的交通运输综合技术研究开发基地。本所原为交通部直属科研机构，2001年转制为科技型企业，改由中央企业工作委员会领导，2003年作为中央企业划归国务院国有资产监督管理委员会管理。作为国家最大的交通运输综合技术研究开发基地，本所承担着国内交通运输行业共性技术、前瞻性技术的开发研究和促进行业科技创新的重要使命。经过40多年的不断发展，本所专业门类齐全，学科配套，建设有一批国内一流水平的专业试验室，拥有一流的先进仪器设备和科研手段，形成了一支高素质的科技人才队伍，取得了一大批具有一流水平的科研成果，为我国的经济建设和交通运输事业的发展作出了重要贡献。
企业现有员工近800人，其中技术人员占60%左右；具有高级职称（包括研究员、研究员级高工）的人员170余名，国家级有突出贡献的中青年专家4名，享受政府特殊津贴的高级专业技术人员50余名。经国务院学位委员会批准，设有四个硕士研究生培养点（通信与信息系统、交通信息工程及控制、船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程）。
目前主要的研究开发领域有：新船型及运输系统、舰船自动化系统、环境工程及环保技术、智能交通系统等；开展新技术、新装备及系统工程的论证、设计、开发、生产、经营，以及环境评价、工程承包、施工监理、技术咨询等业务。承担业务的部门有：研究部、国家工程研究中心、军工产品分所、六个事业部和两个技术产品开发部，以及专门从事智能交通系统业务的上海交技发展股份有限公司；同时，本所还拥有一个行业重点实验室——航运技术交通行业重点实验室。
船舶运输控制系统国家工程研究中心，引进了国际先进水平的柔性设计与制造系统，包括电子电路设计自动化及机械计算机辅助设计系统；印刷电路板表面贴装、波峰焊（无铅）及测试生产线；数控钣金加工设备和箱体涂装生产线；电子产品例行试验设备等；是国家级控制系统科研成果转化基地。
未来一个较长时期，我国国民经济尤其是造船行业的快速发展，将为本所的发展提供一个重要的战略机遇期。本所将坚持以发展为第一要务，不断推进创造价值的企业转型，适时调整内部结构，优化资源配置，努力提高全所的综合实力和核心竞争力；本所的战略目标是：
成为中国最著名的舰船自动化和智能交通系统集成研发制造商和服务商；中国一流的船舶水动力试验研究基地。
上海船舶运输科学研究所愿为我国国民经济建设、国防建设和交通运输事业的发展作出积极贡献。