南京水利科学研究院建于1935年，原名中央水工试验所，是我国最早成立的水利研究机构。直属国家水利部、交通部、电力工业部。
本院是面向国内外的综合性水利科学研究机构，兼有应用、基础和开发研究，承担水利、水电、水运工程和其它有关工程中方向性、关键性和综合性的科学试验研究任务，以及理论和管理方面的研究，并兼作水利部水利大坝安全监测中心和基本建设工程质量检测中心。承担全国水利大坝安全监测和各类工程质检、监理工作。设有水文水资源研究所、水工水力学研究所、河流海岸研究所、岩土工程研究所、材料结构研究所、大坝安全与管理研究所、水利信息技术研究中心等研究所和中心、勘测设计院、工程质量检测中心。设有农村电气化研究所、瑞迪高新技术公司、江苏南水土建工程公司、科兴工程监理有限公司、运达科工贸公司等研究开发机构。已形成30多个具有一定特色和优势的专业研究方向。
主要研究内容有：水文基础理论、水旱灾害规律及减灾战略、水资源宏观战略、水环境演变及对策、水文、水资源与水环境关键技术、水资源可持续利用、水工水力学，水工建筑物渗流和地下水开发利用，航运枢纽，通航建筑物及渔业工程水利学，河流动力学及枢纽泥沙，河道整治，潮汐河口治理，海岸演变及海港防淤措施，防浪掩护与波浪对建筑物的作用，地基加固及基础工程，土体变形及土与建筑物共同作用，土石坝筑坝技术，土工测试技术，水工、港工大块体结构在长期荷载作用下受力状态，深水筑港技术和结构振动与抗震问题，港工、水工钢筋混凝土与预应力混凝土结构受力问题，混凝土与钢筋混凝土耐久性及钢材腐蚀与防护技术，水工、港工混凝土，钢筋混凝土施工技术，环境工程，土工聚合物，核技术在水利、水电、水运工程中的应用，仪器设备与测试技术开发，科技情报分析，工程技术与效益评价等。平均每年承担科研任务500多项，提出科研成果200多项。1978年以来，已有311项科研成果获国家、部、省级重大科技成果奖，内容涉及枢纽泥沙、船闸水力学、紊流结构、地下水资源、海堤调查、海岸冲刷、工程材料与结构、筑坝技术、软基加固、航道整治、港口建设、坝体渗流、污水排放、河工模型、淤泥质海岸治理、土工织物、遥感技术等。
全院现有职工约900人，其中中国科学院院士3名，其中高级科研人员350名。 全院占地面积400，000余平方米，拥有2000M2以上的大型试验厅、室20余座，各类仪器设备4000台件。全院藏有中、外文图书、资料和期刊23万卷册，定期公开出版的刊物有《水利水运科学研究》、《海洋工程》（中文版）、《海洋工程》（英文版，国外发行）、《岩土工程学报》、《水科学进展》。中国水利学会岩土工程专业委员会、中国海洋工程学会的办事机构设在本院。
本院十分重视国际交流和合作。已有众多国家和地区的学者来院参观、讲学和进行技术交流。曾多次承担国外工程科研项目，接受国外聘请派员出国讲学、工作或进行合作研究。有些高级科研人员在国际学术组织中担任职务。目前本院与许多国家和地区的科研单位和高等院校建立了科技资料交流关系或双边合作关系。
经国务院学位委员会批准，本院为国家首批有关学科的博士、硕士学位授予单位，并是有关学科的博士后流动站。