吉林农业大学研究生教育起步于1953年，是1978年我国恢复学位制度以来，首批具有招收硕士学位研究生的院校之一。
目前，学校已组建88个二级学科，涉及农学、理学、工学、医学、管理学、法学、教育学、文学、经济、艺术等10个学科门类中的33个一级学科。其中，有7个一级学科博士后科研流动站；5个一级博士学位授权学科，17个一级硕士学位授权学科；22个二级博士学位授权学科（含8个自主设置学科），72个二级硕士学位授权学科（含8个自主设置学科）。具有农业推广硕士、兽医硕士、工程硕士、社会工作硕士、中药学硕士等5个专业学位授权；具有招收中等职业学校教师、高等学校教师在职攻读硕士学位授权；具有为“研究生毕业同等学力人员”授予硕士学位授权资格。
学校现有1个国家重点培育学科；3个部级重点学科；8个省级优势特色重点学科；2个省级优势特色重点培育学科，其中国家发展与改革委员会工程实验室1个；教育部重点实验室1个，教育部工程中心2个；科技部重点实验室培育基地1个；农业部创新中心1个；农业部测试中心1个；国家中医药管理局实验室1个；吉林省教育厅重点实验室2个，研究中心4个；吉林省科技厅重点实验室1个，研究中心1个，创新中心2个，研究所1个，公共服务平台1个； 吉林省中医药管理局实验室4个；吉林省发展与改革委员会研究中心1个；吉林省工业信息化厅科技孵化基地1个；校企共建联合研发中心3个；国际合作联合实验室1个。
学校现有高级专业技术职务人员508人，其中博士生导师69人，硕士生导师422人。
截至2011年9月，学校在读研究生共计2819人。其中，在读全日制硕士研究生2280人、博士研究生219人，在读专业学位硕士生305人，具有研究生毕业同等学力人员申请硕士学位15人；在站博士后人员44名；初步形成了多层次、多渠道、多类型的研究生培养体系。