中国科学院南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。自成立以来，南京土壤研究所一直肩负着为中国农业发展和生态环境建设服务的重任，凝聚和培养了一大批优秀人才，面向全国的土壤资源，开展了一系列卓有成效的研究工作，先后荣获国家级科技奖励50余项，省部级科技奖励200余项，逐步发展成为在土壤科学领域研究实力雄厚、分支学科齐全并在国际上享有较高声誉的国家级研究中心和高级人才培养基地，为我国乃至世界土壤科学的发展做出了重要贡献。
一、发展目标
面向农业可持续发展和生态环境建设中的国家需求，以土壤资源管理、植物营养调控、土壤环境保护、土壤生态保育为四大核心研究领域，在中国科学院“创新2020”的有效组织下，推动系列重大科研计划的实施，参与国家重大科研项目的竞争，为我国土壤资源合理利用、农业可持续发展和生态环境建设提供决策依据和技术支撑。同时，瞄准国际土壤学发展前沿，强化现代土壤学理论的研究，继续发挥在我国土壤科学研究中的引领作用，产出一批在国际上有影响的原始创新成果。加强支撑平台建设，充分发挥野外台站监测、研究、试验和示范的功能，提高基础数据的获取能力。进一步完善管理体制机制的改革，打造具有持续创新能力的人才队伍。全面推进国际化进程，建成世界一流的土壤科学研究与人才培养基地。
二、人员状况
南京土壤研究所现有在职职工311名，其中专业技术人员275名，包括中科院院士2名，研究员63名，副高级研究人员86名，中初级研究人员126名。
三、人才培养
作为国家首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，目前拥有农业资源与环境(含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息)、环境科学与工程(环境科学、环境工程)、生态学等三个一级学科的博士和硕士学位点;地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治硕士学位点;工程硕士(环境工程、生物工程领域)全日制专业学位培养点，农业推广硕士(农业资源利用领域)全日制专业学位培养点，还设有“农业资源与环境”、“环境科学与工程”2个博士后流动站。现有在学博士生154人、硕士生122人，在站博士后研究人员30人。
四、研究及技术支撑机构设置
围绕土壤资源管理、植物营养调控、土壤环境保护、土壤生态保育4大重点领域，设有土壤与农业可持续发展国家重点实验室、中国科学院土壤环境与污染修复重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室、农业部耕地保育综合性重点实验室等重要研究平台;设有土壤资源与遥感应用研究室、土壤-植物营养与肥料研究室、土壤化学与环境保护研究室、土壤物理与盐渍土研究室、土壤生物与生化研究室、土壤与环境生物修复研究中心、土壤利用与环境变化研究中心等研究单元;还拥有中国科学院生态系统研究网络土壤分中心、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站。此外，我所还主办被SCI收录为源刊的《PEDOSPHERE》(土壤圈)以及《土壤学报》、《土壤》等3份学术期刊;图书馆是联合国粮农组织的特约图书馆，藏有中外文书籍和期刊25万册;土壤标本馆保存和陈列了我国不同类型及部分其他国家的近6万号土壤标本;土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位。另外，中国土壤学会、全国土壤质量标准化技术委员会和江苏省土壤学会挂靠在我所。
五、项目与成果
开展知识创新工程以来，我所推动并参与实施了国家在土壤学及其相关领域的所有重大科技计划。截至目前，先后主持承担了国家“973”项目6项，科技基础性工作专项1项，重大科技专项课题4项,“863”重大、重点项目12项，科技支撑计划项目2项和课题10余项，公益性行业科技重大专项4项，国家自然科学基金重大项目2项、国际合作重大项目9项等一大批国家重大科技任务，充分体现了我所在土壤学及其相关研究领域的主导地位和整体竞争实力。近5年来，获得18项各级科技进步奖，累计发表SCI论文909篇，国内核心期刊论文1200余篇，出版学术专著20余部，有近90项发明专利获得授权。
六、交流与合作
我所先后与30多个国家和地区建立了合作研究关系，与英国洛桑试验站、苏格兰作物科学研究所、日本农业环境研究所、澳大利亚Melbourn大学、Griffith 大学等一批国际著名研究机构和大学签订了长期全面合作协议。我所作为全球数字土壤制图亚洲中心，承担领导亚洲地区数字土壤制图的工作。