中国科学院水生生物研究所(以下简称水生所)是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月改名为中央研究院动植物研究所，1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。中国科学院成立以后，于1950年2月将原中央研究院动物所的主体、植物研究所和山东大学的藻类学研究部分以及北平研究院的部分研究人员合并，组建中国科学院水生生物研究所，所址上海，1954年9月迁至武汉。2011年水生所整体进入中国科学院“创新2020”试点工程。2015年被认定为中国科学院“率先行动”计划特色研究所。
水生所战略定位和发展目标是，面向国家在水环境保护、渔业可持续发展和微藻生物能源利用方面的重大战略需求，围绕内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用领域的基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破，强化创新价值链的延伸，在水环境保护、淡水渔业和微藻生物能源领域发挥引领示范作用。
水生所先后拥有10位中国科学院院士。全所现有在职职工338人，其中科技人员291人，中国科学院院士5人，发展中国家科学院院士3人，研究员及正高职称人员78人，副研究员及副高职称人员89人。
目前水生所设有水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心和藻类生物学及应用研究中心等6个研究中心、共计62个学科组;拥有公共技术研发与服务部，下设分析测试中心、斑马鱼资源中心、淡水藻种库等分支机构;拥有东湖湖泊生态系统开放试验站、三峡水库生态系统试验站等野外台站;拥有藻类生物技术与生物能源研发中心、淮安研究中心等共建机构;拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心(武汉)、农业部淡水养殖病害防治重点实验室、湖泊水污染治理与生态修复技术国家工程实验室、中科院水生生物多样性与保护重点实验室、中科院藻类生物学重点实验室、农业部鲫鱼遗传育种中心、湖北省水体生态工程技术研究中心、湖北省稻田综合养殖工程技术研究中心、湖北省水生植物资源与利用工程技术研究中心、武汉市水环境工程研究中心;拥有亚洲最大的淡水鱼类博物馆和白鱀豚馆。淡水生态与生物技术国家重点实验室连续三次被评为优秀，东湖生态站被纳入国家野外科学观测研究站系列。
水生所自成立以来共有200项成果获得奖励，出版著作165部，发表论文8301篇。近年来，本所科学家领衔主持了一大批包括国家重大科技专项、“973”计划、“863”计划、国家基础性专项、国家自然科学基金、中科院先导专项、地方及大型企业等各类项目经费支持，形成一批在理论上有重大突破或在应用上有广阔前景的研究成果。近5年来，我所发表论文2183篇，其中SCI收录1385篇。申请专利204项，获得授权107项，出版著作11部，获得省部级以上奖励6项，桂建芳院士获得2015年湖北省科学技术突出贡献奖。一些重要技术创新或技术集成获得成功并在应用中日臻成熟，对于我国水环境保护和渔业可持续发展起到了显著的推动作用。这些科研产出，在鱼类分子系统发育和进化、藻类生物学研究、鱼类遗传育种学、淡水生态学、水环境工程学和保护生物学等方面回答了一系列前沿科学问题，满足了国家在水污染治理和发展生态渔业方面的重大需求，取得了重大经济效益，产生了广泛的社会影响。
水生所注重发挥水生生物学科技“国家队”的作用，积极促进地方科技事业，参与地方经济建设，取得了一系列成绩。以国家淡水渔业工程技术研究中心(武汉)、农业部鲫鱼遗传育种中心为依托，促进了渔业模式和环保饲料等成果转化，指导建设了一大批国家级和省级的水产原良种场。以湖北省和武汉市水环境工程技术研究中心为依托，推动了我所一批水环境治理方面的核心技术向全国辐射和转化。面向企业和地方需求，依托藻类生物技术与生物能源研发中心、淮安研究中心等共建机构，开展相关技术研发，为企业发展和地方生态文明建设服务。
水生所对外合作与交流活动频繁。近10年来，先后派出科技人员近800人次到近30个国家和地区进行合作研究、进修或短期访问，同时接待了来自近40个国家和地区的专家2200多人次进行学术交流、合作或进修。研究所作为核心成员加入大的国际合作研究计划，如美国的“Tree of Life”研究计划，还发起和引领多边国际合作，如淡水豚类联合调查项目、主办“水环境保护与水污染治理”国际培训班，“海峡两岸人工湿地研讨会”、“第十届世界华人鱼虾营养学术研讨会”、“第七届亚太藻类论坛”等。
水生所是国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予权单位，设有生物学、环境科学与工程博士后流动站;水生生物学、遗传学、环境科学、水产养殖学、海洋生物学等5个二级学科博士研究生培养点;动物学、水生生物学、遗传学、环境科学、环境工程学、水产养殖等6个二级学科硕士研究生培养点;生物工程、环境工程等2个工程硕士研究生培养点。具有招收和培养港、澳、台和国外研究生资格。现有在学研究生542人、在站博士后35人。