中国科学院沈阳应用生态研究所(前身中国科学院林业土壤研究所)成立于1954年，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的综合性应用生态学研究机构。现有高级科技人员176人，其中正高级专业技术人员77人，国家"千人计划"2人，973首席科学家2人，国家杰出青年基金获得者2人，中科院"百人计划"13人。
该所瞄准国家重大需求和国际学科前沿，以应用生态学为主攻学科，以实验生态学方法和现代生物技术、信息技术为主要手段，以陆地主要生态系统为研究对象，重点开展生态系统生态过程与格局、退化生态系统恢复与重建、生态系统调控与管理等方面的研究，丰富和发展应用生态学理论与技术体系，为保障区域生态安全和可持续发展，实现人与自然的和谐提供科学基础、决策依据和关键技术，在国家应用生态学科技创新体系中发挥引领作用。
近期主要围绕森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程三大重点学科领域，从事森林生态系统格局与过程、森林植被恢复与环境效应、农田生态系统物质循环与调控、微生物资源与生物技术、污染生态过程与生态毒理、土壤环境与生态修复及区域生态安全与可持续发展等研究方向开展应用基础性研究工作。
研究所下设土壤养分管理国家工程实验室（共建）、中国科学院森林生态与管理重点实验室、中国科学院污染生态与环境工程重点实验室、辽宁省陆地生态过程与生态安全重点实验室、辽宁省节水农业重点实验室、辽宁省生态公益林管理重点实验室、辽宁省植物资源保护利用重点实验室、辽宁省土壤环境与农产品安全重点实验室；拥有中国科学院长白山森林生态系统定位研究站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院沈阳生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院会同森林生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院清原森林生态实验站（CERN重点站），乌兰敖都荒漠化实验站（国家林业局荒漠化监测中心之一），大青沟生态研究站，额尔古纳森林草原过渡带生态系统研究站，沈阳生态植物园和东北生物标本馆与东亚苔藓研究中心。研究所编辑出版《应用生态学报》和《生态学杂志》两个国家核心期刊及《Ecological Processes》国际期刊。
本所为1981年国务院学位委员会首批批准的博士学位点。现有生态学、土壤学、微生物学、环境科学四个博士学位点和生态学、微生物学、植物学、环境科学、土壤学、森林培育学六个学术型硕士学位点及生物工程、环境工程两个专业学位点。现有在读研究生344人，其中博士生169人、硕士生175人。设有生态学和农业资源与环境2个一级学科博士后流动站，包括生态学、微生物学、土壤学3个专业站点。现有在站博士后20人。