中国科学院新疆生态与地理研究所研究生教育始于1983年，研究所在致力于创建国际干旱区资源环境研究领域有重要影响的国际知名研究所的同时，始终将提高研究生教育质量作为提升研究所品牌的目标之一，作为中国科学院创新人才的重要培养基地，多年来为国家输送了大批高水平、高质量的人才。
研究所现有自然地理学、人文地理学、环境科学、植物学、生态学、水土保持与荒漠化防治学、地图学与地理信息系统等7个硕士点和自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学5个博士点。目前研究生招生数由1983年的10名以内增加到2009年的100名，在校研究生数由1983年的不足10人增加到2009年6月的300余人（其中博士生120余人，硕士生180余人），2009年起招生外国来华留学生6名。研究所共有研究生导师60人，建立了一支以中青年导师为骨干，老、中、青三结合的导师梯队，另外积极聘请国内外优秀人才来研究所兼研究生导师，强化导师队伍建设。
研究所以科研任务带动学科发展，研究生通过参与国家或科学院及省级重大、重点科研课题，为提高学生的动手能力和发挥学生的创新能力提供了优越的条件，使得研究生在学期间充分得到了实际工作的锻炼，目前科研成果产出逐年递增，科研能力得到很大提升。研究生培养质量不断提高，得到了社会各界用人单位的肯定和欢迎。
在提高研究生培养质量的同时，研究所也十分重视研究生的文化氛围和生活条件的改善和提高。全面启动了科研补助津贴、科研论文成果奖励、各类表彰和奖学金制度。每年研究生还都可申报中国科学院院长奖、刘永龄奖学金、地奥奖学金等各类冠名奖。
通过多年来的创新实践，研究所研究生教育工作取得了显著进展，学位教育工作被评为科学院先进单位。研究生中不断涌现出一批先进人物和事迹，一批研究生获中科院研究生院优秀学生称号、研究生院优秀干部称号和自治区直属机关优秀共青团员称号等。