江苏省中国科学院植物研究所与南京中山植物园是两位一体的综合性植物科学研究机构，前身是建立于1929年的孙中山先生纪念植物园，是我国第一座国立植物园。1954年由中国科学院植物分类研究所华东工作站接管并扩建，定名为中国科学院南京中山植物园。1960年发展成立中国科学院南京植物研究所。1970年划归江苏省领导。1993年实行江苏省与中国科学院的双重领导，定名为江苏省中国科学院植物研究所。
所（园）位于我国南、北植物分布过渡带，是华东地区重要植物科学研究机构，是我国中北亚热带植物研究的中心，是全国四个重点植物园之一。科研机构主要有江苏省植物迁地保护重点实验室、江苏省药用植物研究开发中心等省级重点开放实验室，并设有观赏植物研究中心、草业研究中心、植物系统演化研究室及其下属的十余个重点课题组。拥有现代化实验仪器设备、计算机信息网络中心、专业图书馆、馆藏标本七十余万份的植物标本馆，以及收集保存植物三千多种的专类园（区）十个等科技支撑系统。
几十年以来，所（园）以我国中、北亚热带植物资源的收集、引、开发利用和保护为主要目标，开展了植物分类、药用植物、经济植物、观赏植物、植物化学、植物环境和物种保护等方面的研究。取得科研成果三百多项，其中国家级重大科技进步奖七十余项；出版专著一百五十余部；发表研究论文近三千篇；主办全国科技核心期刊《植物资源与环境学报》，取得了丰硕的成果。经过几代人的不懈努力，所（园）已发展成为一座享誉中外，集科研、科普和游览于一体的综合性现代化植物研究所（植物园）。
自八十年代以来，植物所积极开展国际交流与合作，与世界上60多个国家600多个单位保持着种苗、标本和图书资料的交换关系；是中国最早加入“国际自然和自然资源保护联盟”的植物园，为IUCN濒危植物委员会成员单位。曾成功主办了亚洲史上第一次国际植物园学术讨论会及第十一届国际植物园协会会议。
目前，所（园）重点发展方向为植物资源迁地保护及利用、药用植物及观赏植物的资源研究和开发，并着重开展植物系统演化、植物物种保护、植物多样性、植物资源持续利用，以及植物生态环境的保护等基础研究。