安徽医科大学为省属重点大学，是教育部、国家卫健委和安徽省共建高校，安徽省第一批地方特色高水平大学，第一批综合改革试点学校。
学校前身是1926年创办于上海的私立东南医科大学，1930年更名为东南医学院，1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”号召，内迁安徽怀远，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年迁址合肥，改名为安徽医学院。1985年更名为安徽医科大学。
学校将现代著名教育家蔡元培先生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“求真、求精、求新”的优良学风，致力于建设高水平医科大学。
学校现有梅山路校区、翡翠路校区、东校区(在建)、巢湖临床医学院院区等4个主要校区，校园占地面积1820亩。有直属教学机构16个，直属附属医院6所(第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属阜阳医院、安徽省口腔医院)。
现有在校全日制普通本科生11943人，全日制研究生3934人，留学生407人，成人本专科生(业余)17679人。在职教职医护员工11426人，其中校本部在职教职工1253人，专任教师702人，专任教师队伍中具有博士、硕士学位的教师占92%。
学校以医学为主，医学、理学、工学、管理学、法学等学科协调发展。设有临床医学(“5+3”一体化)等31个本科专业。拥有临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学4个博士学位授权一级学科点， 35个博士学位授权二级学科点;有13个硕士学位授权一级学科点，63个硕士学位授权二级学科点;拥有博士专业学位授予权学科1个，硕士专业学位授予权学科9个。临床医学、药理学和毒理学、分子生物学与遗传学3个学科进入ESI全球排名前1%。
建有药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。皮肤病与性病学为国家重点学科，中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科，有14个国家临床重点专科，5个省属公办普通本科高校一流学科奖补资金项目，其中临床医学、药理与毒理学获世界一流学科奖补资金项目，公共卫生与预防医学、药学、生物学获国内一流学科奖补资金项目。3个省级学科建设重大项目，18个省级重点学科。
建有2个教育部重点实验室， 25个省部级实验室，是国家药品临床研究基地。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”产业创新团队，3个安徽省高校科研创新平台团队，1个安徽省高校智库。
跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。有4个国家级高校特色专业建设点，2个国家级专业综合改革试点，2个国家级卓越医生教育培养计划项目;1个国家级教学团队;2门国家级精品课程和2门国家级精品资源共享课;2个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验教学中心，1个示范性虚拟仿真实验教学项目。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖1项。
有24人次在国际学术组织和SCI源期刊任职，5人次担任国家“十一五”、“十二五”规划教材主编。4人担任国家级专科学会主委，1人在亚洲学术组织担任主席，9人入选教育部高校医药学科教学指导委员会专家。10余人获得全国、全省模范教师、优秀教师光荣称号。
国家自然科学基金立项数连续14年保持省属高校领先地位。研究成果分别入选2010、2014年度中国科学十大进展和2012年度中国高校科技十大进展。获国家科技进步二等奖1项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项、中国青年科技奖2项、中华医学科技奖一等奖4项。先后在《细胞》《新英格兰医学杂志》《自然遗传》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平论文。
学校编辑出版的具有CN刊号的医学学术期刊有《安徽医科大学学报》《中国药理学通报》《临床与实验病理学杂志》《中华疾病控制杂志》等14种，其中CSCD核心期刊3种，北大核心期刊4种。
校图书馆是全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，为安徽省高校数字图书馆医学分中心、教育部科技查新工作站。
学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，目前临床学院达50余所，实践教学基地90余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省(市、自治区)。
学校同德国、澳大利亚、美国、英国、西班牙、瑞典、加拿大、日本、韩国、俄罗斯以及台湾、香港地区的高等院校广泛开展合作交流与合作办学，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展人才培养和科研合作。