中国科学院亚热带农业生态研究所(以下简称“亚热带生态所”)创建于1978年，其前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，2003年10月改为现名。
亚热带生态所主要学科方向为亚热带复合农业生态系统生态学，下设区域农业生态、畜禽健康养殖、作物耐逆境分子生态等三个研究中心，作为依托单位拥有畜禽养殖污染控制与资源化技术国家工程实验室、中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室、农业生态工程湖南省重点实验室、湖南省畜禽健康养殖工程技术研究中心和广西石漠化治理工程技术研究中心，建有桃源农业生态系统观测研究站、环江喀斯特生态系统观测研究站、洞庭湖湿地生态系统观测研究站和长沙农业环境观测研究站。
截至2017年底，有在职职工220人，其中科研人员131人，科技支撑人员66人，包括研究员及正高级工程技术人员36人、副研究员及高级工程技术人员62人。现有中国工程院院士、国家“杰出”和“优青”各1名，国家“百千万人才”高层人选2人，国家“万人计划”科技创新领军人才1人(新增)，国家“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才1人(新增)，全国优秀科技工作者1人，科技部“中青年科技创新领军人才”1人、“西部之光”入选者25人(新增2人)，中国科学院特聘研究员5人，中国科学院“卢嘉锡青年人才奖”获得者1人，湖南光召科技奖1人，湖南省“十大同心人物”2人。
现拥有生态学博士学位授予点，生态学、畜牧学和环境工程学硕士学位授予点以及生态学专业学科博士后流动站。2017年在学研究生155人，其中硕士生68人，博士生87人(包括4名CAS-TWAS博士生，1名尼日利亚政府奖学金资助博士生)，在站博士后13人。