中国科学院软件研究所成立于1985年。1995年原计算中心计算机应用部分并入软件所；2003年1月，软件园区综合管理服务中心整建制划归软件所管理。
第一任所长 许孔时研究员 1985年2月至1994年7月，
第二任所长 冯玉琳研究员 1994年7月至2002年7月，
现任所长 李明树研究员 2002年8月至今
中国科学院软件研究所，是一个以计算机科学理论和应用研究为基础、以计算机软件研究开发和高新技术的产业建设为主导的综合性基地型研究所。目前，软件所的科研体系分为软件基础研究、软件高技术研究和软件应用研究三大部分，设有十几个研发部门（实验室、中心）。
中国中文信息学会、中国软件行业协会数学软件分会、中国软件行业协会UNIX用户分会、中国计算机用户协会IBM分会等挂靠在研究所；研究所主办的学术刊物有《软件学报》、《中文信息学报》和《计算机系统应用》。
建所近二十年来，特别是进入中国科学院知识创新试点工程以来，软件所在计算机科学和软件领域取得了丰硕成果，获院、部级以上成果奖23项（全部为第一完成单位），其中包括国家自然科学奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项；国家科技进步奖二等奖4项、三等奖2项。尤为值得一提的是，自国家自然科学奖设立至今，计算机领域唯一的1项一等奖和5项二等奖中的2项，都出在软件所。
进入21世纪，以互联网为代表的信息技术与知识经济的迅猛发展，使软件技术和软件产业成为国民经济与社会发展的核心与主导，也为软件所新的跨越提供了历史性的发展机遇。在新的形势下，软件所的定位是：面向软件技术未来，从事计算机科学理论研究和软件高新技术发展的综合性国立研究所。为此，软件所人将继续发挥"创新求实，永竞一流"的精神，贯彻"以人为本，创新跨越，竞争合作，持续发展"的新的科技发展观，汇聚科技精英，建设以著名科学家为核心的科研团队，努力形成国立研究机构创新文化氛围。按照新的办院方针，面向国家战略需求和世界科学前沿，开展关系到国家经济发展、国防建设与社会进步的基础性、战略性、前瞻性软件理论与高新技术创新研究；承担国家重大软件科技项目和重大信息化工程中的关键技术研究开发工作，解决国家急需的重大软件技术问题；提高我国软件技术自主创新能力，不断促进软件产业发展；通过技术转移、人才培养和文化传播，为我国科技事业和社会发展不断做出重大创新贡献。
希望通过不懈的努力，软件所能在不远的将来，整体上达到国际先进水平，成为对世界科学技术发展有重要贡献的一流科研机构。